Protektorát formálně představoval chráněný stát. Byl pod ochranou Velkoněmecké říše před jinými mocnostmi a té ochrany musel být hoden. Na počátku se mělo jednat o přechodné řešení, jakousi autonomii. Nebyla to však opravdová autonomie, ani z hlediska územního, ani personálního. Na druhou stranu to ale zase nebyl tak drastický okupační systém jako např. v Polsku. Protektorát měl svou samosprávu, dokonce svého prezidenta, ale byl definován jako území někdejšího Československa, obsazené německou armádou. V protektorátu měl Hitler svého zástupce, a sice říšského protektora. Byla zavedena dvě občanství a dvě správy - říšská a protektorátní. Ve městech s více než 25 tisíci obyvateli byli do městské správy dosazeni vedle českých starostů i němečtí komisaři. Podobně seděli i na protektorátních ministerstvech.
Přítomnost asi 6800 privilegovaných Němců v úřadech vedla samozřejmě k masivnímu pronikání němčiny do veřejného života. Naproti tomu ve všech rovinách společnosti vládla politika omezování a vytlačování českého elementu. Vedle tvrdých politicko-vojenských opatření, jako uzavření vysokých škol, pronásledování a zatýkání bývalých legionářů a dalších elitních důstojníků, zrušení různých institucí a hanobení státních symbolů, např. vzdání pocty u hrobu neznámého vojína v Praze, probíhalo i méně nápadné každodenní odstraňování všeho českého. Byla zavedena různá jazykově-právní opatření, např. měl každý Němec právo požadovat komunikaci v němčině, vesměs bylo vše psáno a tištěno v němčině nebo v němčině a češtině, přičemž němčina byla jako první, při označování názvů úřadů bylo téměř úplně odbouráno slovo "český" a nahrazeno pojmem "protektorátní", aby si Češi nedělali falešné představy o svých právech.
Protektorát tedy mezi dalšími obsazenými evropskými zeměmi představoval určité specifikum. Země jako třeba Rakousko nebo svobodné město Gdaňsk či Sudety byly jednoduše připojeny k Německu bez vlastní správy, naproti tomu okupované země jako Belgie, Řecko či Maďarsko nebyly připojeny a měly svou okupační vládu bez německé správy. U protektorátu se počítalo s tím, že bude v budoucnu začleněn do říše, ba stane se dokonce jejím železným jádrem. K této úvaze vedla na počátku vysoká a pro Německo upotřebitelná úroveň ekonomického a lidského potenciálu, důležitého pro válku. V konečné fázi pak mělo dojít k roztřídění obyvatelstva na loajální Čechy schopné poněmčení, kteří by zůstali na původním území a byli případně odměněni říšským občanstvím, na rasově nekvalitní Čechy, kteří by byli odesláni na Sibiř a tam působili jako námezdní dělníci nebo dozorci Židů v táborech, a na nepřátelské Čechy, kteří by byli s konečnou platností zlikvidováni. Vzhledem k nutnosti věnovat síly především válečnému tažení měl však být tento proces germanizace proveden až po vítězné válce, zatímco během války byla prováděna pouze některá přípravná opatření, jako např. rasová klasifikace obyvatelstva nebo systematická likvidace elitního odboje.
Celkově tedy lze říct, že okupace naší republiky už od začátku neznamenala žádnou idylu. Protektorátní politiku bychom mohli označit jako metodu "cukru a biče". Na jedné straně relativní ekonomický blahobyt, podpora dělnické třídy, žádné frontové boje, žádná branná povinnost. Na druhé straně však brutální potlačení jakéhokoliv odboje, jak náležitě zdůraznil říšský protektor coby mluvčí Hitlera ve svém výnosu z října 1939. Za každý projev sabotáže zájmů Velkoněmecké říše budou použity nejtvrdší tresty. A odpovědnost ponesou nejen vlastní viníci, ale veškeré obyvatelstvo.
Že nešlo o pouhou hrozbu, ukázala už blízká budoucnost.
Přečtěte si také I. část: Obsazení někdejšího Československa